Как правильно указал Павел Грозов, с момента приобретения второй квартиры до момента продажи первой, должно пройти не более 90 дней для применения условия о единственном жилье по п.4 ст. 217.1 НК.
90 дней считаем по датам регистрации недвижимости в ЕГРН. Даже если у Вас регистрация новой квартиры прошла 31 марта, дата регистрации перехода права к покупателю по старой должна была быть 29 июня.
У вас вариант получить налоговый вычет за приобретенную квартиру, который компенсирует уплату налога за проданную.