Андрей, регистратор не ошибся. В договоре купли-продажи участка Вы указали, что на данном участка отсутствуют здания , строения, сооружения ( это обязательная фраза при продаже земельного участка). И скорее всего данный участок был разделен. У регистратора не было возможности проверить на каком из вновь образованных земельных участков находится дом. ( если дом не новостройка )