1. Для декларирования доходов важен не момент перехода права собственности, а момент получения дохода. То есть зависит от даты получения дохода/денег.
2. Налоговая ставка для данного вида дохода ИП определяется режимом налогообложения ИП - если это было имущество ИП, используемое для извлечения доходов ИП, с которых он платил налог, и тогда по этой же ставке ИЛИ в обычном порядке (13% с учетом налогового вычета для прочего имущества по 217 или 220 статье НК), если это было имущество, не используемое в деятельности ИП.
3. Ждать письма конечно можно, но тогда возможны пени за несвоевременную уплату.
4. А где бухгалтер ИП, - ему все это должно быть известно лучше, чем мне:-)

соглашаюсь с выше сказанным.

Не важно когда продал, важен факт государственной регистрации сделки (в данном случае права Покупателя).
Что касается ставки налога и сроков для его уплаты, то тут все зависит от того, как было оформлено имущество.
Если имущество продавалось ИП, то налогообложение будет происходить в рамках выбранного режима налогообложения.
Если имущество продавалось физическим лицом, то налогообложение будет происходить так. Если право зарегистрировано в 2013 году, то подать декларацию необходимо до 30 апреля 2014 года, если право зарегистрировано в 2012 году, то подавать что-либо уже поздно. Остается ждать соответствующего уведомления + возможны пени за несвоевременную уплату, штраф за непредоставление налоговой декларации, штраф за нарушение срока уплаты налога и, наконец, уголовная ответственность за уклонение от уплаты налога в крупном размере в соответствии со ст. 198 УК РФ (предусматривает штраф от 100 до 300 тыс. руб. или лишение свободы на срок до 1 года).

Если магазин был в собственности физического лица менее трех лет, налог - 13% с суммы превышающей 250 тыс. руб. Лучше заплатить в 2013 году, если у налоговой не будет информации, что доход получен в 2012 году, тогда можно в 2014 году.

Здравствуйте, Алекс! То, что продавец - индивидуальный предприниматель - принципиально, если магазин использовался ИП в предпринимательской деятельности.
Если использовался - нужно смотреть что когда и как оформлялось по бухгалтерской отчетности.
А также учитывать п. 17.1) ст. 217 НК РФ: "Не подлежат налогообложению доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи ценных бумаг, а также на доходы от продажи имущества, непосредственно используемого индивидуальными предпринимателями в предпринимательской деятельности".
Если не использовался и магазин был в собственности менее 3-х лет - как физ. лицо подавать 3-НДФЛ в 2014 году (если сделка была зарегистрирована в 2013).

Переход права состоялся в 2013 году, уведомление придет в 2014 году.