А вопросов могло бы быть и больше. Сразу скажу, что даже в сделках между родственниками риелтор нужен.
1) Можно договорами купли-продажи. При полной стоимости в ДКП брат с дочкой попадут на налог 13%. Т.е. если они будут продавать долями, то получится 4 млн за 1/2. Миллион налогом не облагается, но с трех миллионов каждый из них заплатит налог 13% (т.е.390 тыс), при покупке квартиры ни этот налог смогут минимизировать (кто-то из коллег подскажет как или могу дать контакты организации, которая поможет с этим вопросом). Про уклонение от налогов и занижение стоимости ДКП больше чем уверен, что напишут другие специалисты, так как такой вариант существует (я не люблю консультировать по такому вопросу).

Все зависит от того, что для Вас принципиальнее: минимизация налогов семьи брата или собственная безопасность и экономическая выгода.
1. Правильно для Вас - через куплю-продажу. Таким образом Вы получите право на вычет при покупке (260 т.р.), возможность в будущем при продаже уменьшить (а вдруг? ) подлежащий уплате налог, юридически правильно и без последствий оформленную сделку. Правильно для брата - дарение в несколько этапов.
2. Выписаться желательно до Вашей сделки. Документы - соответствующее нотариальное заявление.
3. Если один договор купли-продажи, то 13% от стоимости превышающей 1 м.р. Если два отдельных, то (стоимость доли минус 1 м.р.) *13%. Здесь нужно все просчитать, потому, что еще будут расходы на нотариуса.
4. Нет, наоборот у Вас появляется право на вычет при покупке. Если все оформить с учетом Ваших интересов, то каждый из Вас сможет получить 260 т.р. налогового вычета.

Все вышесказанное - это коротко и не вдаваясь в подробности. Вариантов решения вопроса несколько, причем каждый вариант имеет подварианты, и каждый описать в рамках онлайн форума не представляется возможным. Вам нужен риэлтор, который сможет все это объяснить на пальцах, чтобы Вы поняли и выбрали для себя наиболее оптимальный вариант решения вопроса. Если необходима помощь обращайтесь, контакты и другая полезная для Вас информация на моей страничке.

3. Налоги - главное правильно и своевременно заполнить декларацию. собственность 2015 года. Налоговая база равна сумме в договоре за вычетом миллиона ( в вашем случае по одному миллиону) от неё 13%. Наглядным примером будет инфо с сайта ФНС https://www. nalog. ru/rn77/fl/interest/tax_deduction/fl_prned/
При покупке квартиры: каждый налогоплательщик имеет право использовать получение налогового вычета неограниченное количество раз, но в сумме не больше 260 000 руб( с налоговой базы 2 000 000). Получается вы с супругой не платите, а получаете по 260 тр если работаете официально. А если покупаете в Ипотеку то ещё и вернёте налог с переплаченных процентов, там уже база составляет 3000 000. https://www. nalog. ru/rn77/fl/interest/tax_deduction/fl_nedvig/

1. Можно оформить и ДКП - если доли выделены, то дкп должно быть в нотариальной форме. Это один договор купли продажи, в котором продавцы это брат и племянница, а покупатели вы с супругой. Если выкупать по долям - это ничего не изменит, налоговая база для исчисления налога останется той же, просто добавятся затраты по нотариальным отказам от преимущественного права выкупа доли. Минимальная сумма в дкп подробно описана коллегой выше. Безусловно, под свою ответственность вы можете и пойти на занижение в договоре. В любом случае по заполнению декларации контакты по налогам могу предоставить.
2. Сын брата будучи совершеннолетним должен предоставить заявление, нотариально заверенное, о том, что ему известно о правах на участие в приватизации, что он одобряет действия родственников по приватизации, не возражает против осуществления родственниками любых прав по владению, что отказывается от правопользования данной кВ ( это вкратце - могу выслать образец). Выписаться ему лучше до сделки, Т.к. Несмотря на отказ от участия в приватизации у него сохр. правопользования кВ.