Рад за вас, что обратились к специалистам.
Но вопрос к Вам: "Почему Вы не адресуете эти вопросы своему агентству/риелтору?".
А иначе зачем платить кому-то деньги, если они не отвечают на ваши вопросы и не развеивают сомнения?

Добрый день, Евгений. Вопрос Ваш правильный, надо единственное, что прочитать Ваш договор с АН, так как многие агентства пишут четко свою комиссию, а многие ее так завуалируют, что не каждый может правильно понять. АН да бы избежать налогов много скрывают в договорах, так вот если у Вас описана сумма 6 миллионов рублей и процент от этой сумы, а Вы купили квартиру по ДК с не полной стоимостью (а именно) квартира стоит дороже, но так как продавец не хотел указывать выше сумму, что бы не платить налог в налоговую, то на оставшую сумму обычно пишут за улучшение или не отделимые улучшения в квартире, при этом указывают это только в расписках. У вас по договору с АН 6мл.,руб., в договоре КП та же сумма, то и оплачивать Вы должны именно от той суммы, что в договоре КП, АН с таким договором был согласен, значит не имеет право Вам предъявить какие либо притенении, в выплате большего процента. АН, обычно свою комиссию забирает внесенным Авансом или на сделке, закладываются в ячейку на агента. Это все у Вас должно было прописано в Договоре с АН.

Илья, сама пользовалась?

Просто не заключайте таких дурацких договоров, тогда и не придется задавать такие дурацкие вопросы..

Надеюсь это не агентство на букву Э?

Евгений, если коротко - как договоритесь, так и будет. Условия договора это вообще то конфиденциальная информация. Не для оглашения третьим лицам. Если возникли детали не предусмотренные договором - их оговаривают и при необходимости фиксируют доп протоколом стороны соглашения.
по вопросу
1. Второй случай от 6 до ..
2 АН будет считать в свою сторону - вы в свою. Чье кунг-фу (аргументы) будет лучше - тот и победит

Как-то вопрос сам с собой не вяжется...

1) До 6 млн это 5 999 999 руб 99коп (включительно)
2) Обычно, неотделимые улучшения входят в общую стоимость квартиры.