Елена, раз 2016 год, то расчет таков:
3162*0,7= 2213тр. - это та сумма, по которой производился бы расчет налога, если бы в ДКП была указана меньшая сумма. Но подруга продает за 2950тр. и эту сумму указывать намерена в договоре, поэтому можно исходить из настоящей суммы продажи. Её риэлтор неправ и налог будет с разницы между суммой продажи и суммой, за которую она приобретала эту квартиру, а приобрела она ее, заплатив за нее старой квартирой, которая на тот момент оценена была в 2240тр. Таким образом налог составит 13% от разницы между ценой продажи и ценой приобретения, т.е. 13% от 710тр. Вместе с тем, приобретая квартиру, она получила право на вычет за покупку - это 13% от 2-х млнов. Вот из этого-то вычета она и может погасить зачетом возникший налог на доход от продажи. Получится, что она государству должна 13% от 710тр., а государство ей должно 13% от 2-х млнов. Можно сделать зачет однородных требований, и у подруги еще останется неиспользованным право на получение от государства 13% от 1290тр, которое она сможет использовать, если работает или по каким-то иного рода доходам платит налог по ставке 13%.

Чтобы все это срослось, нужно в следующем году очень правильно заполнить декларации и подать в налоговую нужный комплект других необходимых документов. Для этого может понадобится грамотный аудитор или хотя бы бухгалтер.
А проще всего, конечно, не связываться с этими сложностями и указать при продаже квартиры в договоре 2240тр.
Но обязательно еще раз проверьте кадастровую стоимость продаваемой квартиры на 2016 год.