как сделать лучше?

Марианна, обращать внимание необходимо на все. Не зная Вашей ситуации выделить что-то конкретно невозможно. Работа риэлтора - это знания, которые применяются в зависимости от ситуации. Гадание - это не к нам.

Зачем разные договора? Если во избежании налогообложения то обратите внимание на:
Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 6 августа 2012 г. N 03-04-05/7-920 о предоставлении имущественного налогового вычета по НДФЛ при продаже доли квартиры.
информация: http://www. garant. ru/products/ipo/prime/doc/70114186/

Мать дарит дочери, та продает все целиком.

Ольга Жоголева, если делать разными договорами, то согласие не будет нужно только при такой схеме: сначала продаются 1/4+1/4, где участвуют оба собственника и поэтому не требуется согласие, а потом продается 1/2 тому же покупателю уже, как сособственнику. Договора в ППФ можно сдать на регистрацию одновременно. Но и Краснов прав: теоретически можно и в одном договоре указать разную цену за доли, но для налоговиков понятней и доказательней, может быть, будут два договора.

одним договором на один объект,стоимости долей могут отличаться, нотариально заверить о претензиях по наследству

Можно сделать двумя договорами. Наследники все учтены? Сопровождение закажите в агентстве недвижимости, будет недорого, но правильно.

Для чего Вы хотите брать согласие матери на продажу доли дочери? Вы первоначально хотите делать ДКП между ними?Зачем?Я согласна с Кораблевой И.В. Достаточно 2-х договоров: 1/2 и 1/4+1/4. Или 1\2+1\4 и 1/4

Лучше всего обратиться в АН за сопровождением сделки.

Сходите к соседям.

Если я правильно поняла, то в данный момент у дочери 1/2 +1/4 и 1/4 у матери. В принципе, у дочери на ее 1/4 налог тоже не возникает, но в данном случае не смысла изобретать велосипед. Не придумывайте лишнего. Проводите двумя договорами по 1/2. В том, что менее трех лет поставьте 500 000 - больше нельзя. Во втором - все остальное.