Наталия, субсидия была выделена Вам и она считается Вами же израсходованной на покупку. Сумму субсидии можно учесть при расчете налога на продажу, как собственные израсходованные средства. Просто многие путают с той ситуацией, когда оформляется налоговый вычет на покупку квартиры - вот в этом случае сумма субсидий не может быть учтена в сумму расходов на приобретение, предъявляемых для возврата НДФЛ.
Также можно воспользоваться вычетом (возвратом НДФЛ) на покупку не по новой квартире, которая неизвестно когда будет построена, а по продаваемой, ведь Вы ее покупали. Но там может быть невыгодно это делать, и надо смотреть по цене, т.к. сумма субсидии не будет учтена, т.е. надо знать, сколько собственных средств Вы за нее платили и еще кое-какие детали надо будет учитывать.
И еще: вычет по новостройке можно оформлять сразу после подписания акта приема-передачи, т.е. не обязательно ждать свидетельство о собственности.

Пишите помогу.

налог будет в любом случае но его потом компенсируют

Указывайте сумму по которой приобреталась квартира

Лучше указать в договоре при продаже сумму по которой приобреталась квартира.

За консультацией лучше всего обратиться лично. Готов проконсультировать.

Наталия, при продаже квартиры, вместо получения имущественного налогового вычета в р-ре 1млн.р. налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (подп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ).
Есть разъяснения налоговиков о том, что социальные выплаты (субсидии) ВКЛЮЧАЮТСЯ в сумму фактически произведенных налогоплательщиком (субсидентом) расходов, например:
- письмо МинФина РФ от 23 октября 2009 г. N 3-5-02/1588 «О порядке применения пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ»,
- письмо ФНС РФ от 17.04.2012 N ЕД-4-3/6475@ «О предоставлении имущественного вычета»,
- письмо УФНС РФ по г. Москве от 30.12.2010 N 20-14/4/138233@ «О порядке налогообложения доходов при продаже квартиры, приобретенной за счет субсидии на приобретение жилья».
Т.о. для минимизации налогообложения в новом ДКП Вы смело можете указывать всю сумму приобретения квартиры, как за счет собственных ср-в, так и средств, полученных по гос. жилищному сертификату (субсидии).

С момента государственной регистрации права.. указывайте сумму инвестирования..

- Если квартира менее 3-х лет в собственности, то при продаже выплачивается налог с разницы сумм при продаже и покупке, в размере 13%;
- Если приобретаете квартиру, то можете воспользоваться налоговым вычетом в размере не более 260 т.р.;
- Если продажа и покупка происходит в один налогооблагаемый период, то при подаче декларации можно сделать оплату налогов и получение налогового вычета взаимозачетом;
- Учитывается дата получения собственности, а не ДДУ.

Если вы укажите в ДКП сумму покупки квартиры, то налога не будет.
По всем вопросам связным с проведением сделки и возможных последствий связных с этой сделкой лучше обращаться к своему риэлтору и консультанту по недвижимости.