Последнее предложение, можно не принимать во внимание, закон в этой части жесток и никаких льгот отдельным категориям граждан не предоставляет.
Из того, что я смог понять. Дано: 3-х комнатная квартира. Комната 1, владение давно, налога нет. Комната 2, непонятен срок владения но, 90%, что налога нет. Комната 3, налоги будут однозначно, но их в рамках правового поля, можно свести к нулю.

Добрый день. Обязанность по уплате налога при продаже недвижимости никак с дальнейшей судьбой денег вырученных от продажи не связана. Это две абсолютно разных мероприятия. Понятия продал за Х и купил за Х или больше (не получил дохода) не существует.
Поскольку речь идет о комнатах в коммунальной квартире, то по комнате, что приватизирована можно применить стандартный вычет 1 м.р., а по комнате, что выкуплена "расходы на покупку" (стоимость покупки + проценты по ипотеке).
Оптимизировать подлежащий уплате налог можно за счет вычета за приобретение, но без конкретных цифр и полного понимания ситуации подсказать что-либо проблематично.

Налог с продажи возникает в любом случае, можете немного уменьшить налоговое бремя имущественным вычетом с продажи - нужно посмотреть документы и понять каким вычетом воспользоваться (расходы или один миллион).
Также можете применить взаимозачёт с вычета от покупки в размере 260 000 руб., если ранее этим вычетом не пользовались (здесь очень много нюансов связанных с датами, частичным получением вычета и так далее). Нужно понять с какой покупки выгоднее сделать взаимозачёт: с покупки комнаты, где можно ещё применить вычет по погашенным процентам кредита или с покупки нового жилья (в этом случае нужно обязательно совместить продажу и покупку квартир в одном налоговом периоде, иначе взаимозачёта не будет, только вычет и то при наличии справки 2-НДФЛ с растяжкой платежей на годы, если зарплата не высокая).
Понимаю, что накидал много информации и всё это нужно переварить. Вам нужна живая консультация, а нам документы, чтобы сесть и в рабочем режиме всё посмотреть, посчитать и принять правильное и по деньгам выгодное для Вас решение. С уважением, Арман!