Нотариальная сделка между юр.лицами по продаже нежилого помещения.

Почему нет?)
Ничего странного, значит Покупателю так комфортнее/спокойнее/удобнее.
Для вас плюс- регистрация перехода права быстрее будет. Ну и большая вероятность, что регистрация пройдёт без приостановок, ибо Росреестр любит делать приостановки при сделках с нежилыми помещениями, тем более между юр. лицами, придераясь к чему только возможно. А так, вроде нотариальный договор, нотариус всё проверил, удостоверил

Если покупатель был бы физик, то можно было бы понять с какой целью он привлекает нотариуса, ибо даже имея хорошего специалиста, который проверит чистоту сделки, есть моменты, требующие нотариального внимания для дополнительной страховки физ. лица. И здесь речь немного о другом, нежели о силе нотариуса, которого действительно нет в том понимании, как себе представляют покупатели недвижимости. Многим из них кажется, что если нотариус заверил, то имущество гарантировано никто не отберёт по суду - это далеко не так.
Интересно, а как ООО - покупатель работает с другими контрагентами в повседневной производственно-хозяйственной деятельности, тоже привлекает нотариуса? Ведь у ООО обороты точно есть, если покупает недвижимость в Москве, а значит есть кассовая дисциплина, отчёты, кварталы и бухгалтерия, призванная следить за всем этим, в обязанности которой входит также достоверная проверка любой сделки по безналичному обороту в пользу любого контрагента.
Я к тому, что взаиморасчёты по этой сделке должны грамотно обеспечить бухгалтерии двух ООО, а юридическую чистоту покупаемого имущества - нанятый покупателем специалист по недвижимости, если в штате нет юриста именно по таким мероприятиям.

Здравствуйте. Все по договоренности сторон. Если у вас очередь из желающих приобрести объект - можете диктовать свои условия проведения сделки. Если на горизонте больше нет реальных покупателей - стоит согласиться, ничего особенного в таком требовании нет. Для продавца, который проводит 10 сделок в месяц процесс превращается в рутину, юр. отдел штампует договоры, конвейер работает. У покупателя могут быть более скромные обороты и отношение к процессу соответственно более трепетное. Это не хорошо и не плохо, это разный уровень и разный подход. А сделка - всегда компромисс.

Ну есть такие параноидальные верующие в силу нотариуса (кстати, напрасно). С такими проще согласиться и не спорить или сразу отказаться от сотрудничества.