Какая у Вас цена в ДКП? Если до 1млн, то на налог не попали, если свыше, то да, налог 13% за вычетом 1 млн. рублей. Подать декларацию и отчитаться по налогу Вам надо было в 2016 году, в любом случае надо было подавать декларацию не зависимо получили прибыль или нет, так как продали имущество которым владели менее трех лет. По штрафам:
Если не было прибыли и не подали декларацию — штраф 1000 рублей согласно статьи 119 НК РФ. Однако, если вы не подали декларацию 3-НДФЛ и не уплатили подлежащий уплате налог при продаже квартиры – это влечет наложение штрафа в размере 5% за каждый месяц просрочки подачи, начиная с мая, но не больше 30% указанной суммы и не меньше 1000руб.
Если декларация подана в срок до 30 апреля, но квитанция вами не оплачена, на сумму неоплаченного налога начисляются пени в размере 1/300 от ставки рефинансирования Центрального банка России согласно статьи 75 НК РФ. Притом общая сумма пени не ограничена.
Неуплата, а также неполная уплата суммы налога в результате неправомерных действий или бездействия, неверных расчетов или занижения налога влечёт взыскание штрафа согласно статьи 122 Налогового кодекса РФ в размере 20 процентов от скрытой суммы налога или 40 процентов, если докажут, что ваши действия по сокрытию были умышленные.

Налог рассчитывает САМ налогоплательщик при подаче налоговой декларации, где при расчете он имеет право заявить налоговый вычет. Если срок владения менее 3 лет, подача декларации обязательна (даже если в итоге сумма к уплате будет равна нулю), и это необходимо сделать, иначе начислят налог с полной цены продажи без вычета. За просрочку подачи декларации штраф 1000р. Пени будут, если будет налог.
Что касается расчета суммы налога. Необходимо знать цену по договору купли-продажи и количество продавцов.

Отчитаться о полученном доходе Вы должны были самостоятельно. Если налоговая инспекция ничего не присылает, то это не означает, что платить ничего ненужно. Пени капают, гос. бюджет пополняется.
Что делать.
1. Посетите свою налоговую инспекцию и проконсультируйтесь.
2. Проверьте себя в базе Федеральной службы судебных приставов. Возможно, по Вам уже открыто исполнительное производство, о котором Вы ничего не знаете.
Заплатить все равно придется, а иначе могут быть серьезные проблемы. Например, прямо на паспортном контроле при попытке пересечении границы… не выпустят.

Если вы владели недвижимостью меньше трех лет (в отношении недвижимости, приобретенной до 01.01.2016), Вам необходимо было самостоятельно рассчитать налог, а также подать в налоговую инспекцию декларацию (п. 17.1 ст. 217, пп. 2 п. 1 ст. 228 НК РФ; п. 3 ст. 4 Закона N 382-ФЗ).
Формула расчета налога выглядит так:
НДФЛ = (сумма дохода от продажи - имущественный вычет) x 13%
В случае непредставления декларации по НДФЛ и неуплаты налога в срок предусмотрено наказание. Штраф за непредставление декларации в срок - 5% не уплаченной в срок суммы налога за каждый месяц, но не более 30% указанной суммы и не менее 1 000 рублей. Штраф за неуплату НДФЛ - 20% от суммы неуплаченного налога.