Надо полагать, что в вопросе речь идет не об "обременении", как юридически значимом в понимании риэлторов термине, а именно о юридической чистоте приобретаемой квартиры. Наличие какого-либо обременения проверить очень легко, для этого достаточно обратиться к открытым сведениям содержащимся ЕГРП. В подавляющем большинстве случаев этого вполне достаточно. Что касается истории квартиры, то тут Ваш риэлтор абсолютно прав. Надо отдать ему должное за честность. Действительно, выявить все нюансы в истории квартиры очень сложно и порой даже не всегда возможно. Вот именно в этом и заключается основная задача специалиста сопровождающего сделку. Если такие нюансы есть и они будут выявлены, то от приобретения выбранного варианта целесообразнее отказаться. Риэлтор и не может Вам дать 100%-ой гарантии чистоты сделки. Он должен предупредить все возможные проблемы, максимально профессионально провести сделку с защитой интересов своего клиента, в общем сделать так, что даже в случае возникновения каких-либо проблем, судом Вы были бы признаны добсросовестным приобретателем, что все необходимые документы у Вас были руках, чтобы были соблюдены требования законодательства и т.д.

Лучше с специалистом посоветоваться..

1.Договор не соответствует закону.
2. Нарушены права несовершеннолетних.
3.Совершение сделки неуполномоченным лицом (лжедоверенность)
4.Совершение сделки юридическим лицом вне пределов его правоспособности или неуполномоченным представителем.
5. Нарушение процедуры принятия наследства.
6.Отсутствие согласия супруга на совершение распорядительных действий по совместно нажитому имуществу.
7. Неправильное оформление документов при передаче большей суммы денег, чем в договоре.
8.Ущемление прав несовершеннолетних, уехавших на ПМЖ за границу.
9.Ущемление прав лиц, выписанных по броне или находившихся в местах лишения свободы, а так же выехавших на ПМЖ с сохранением гражданства.
10.Подделка правоустанавливающих документов по сделке или изготовление фальшивых. Неточности, поправки, подчистки в тексте правоустанавливающих документов.
11.Совершение уголовно наказуемых деяний с целью завладения недвижимости.

Застрахуйте титул и спите спокойно.

Пусть Ваш специалист по недвижимости занимается экспертизой объекта, после чего он Вам предоставит отчет по экспертизе и акт выполненных работ - это первый этап приобретения объекта недвижимости. Только после этого вы принимаете решение о приобретении объекта. С обременением, Вы не сможете зарегистрировать сделку.

Так Вы еще ничего не купили, а уже столько сомнений)
Покупать недвижимость гораздо сложнее, чем продавать и Ваш специалист отчасти прав в этих 100%. Покупая квартиру, всегда подходите к этому делу с холодной головой и не спешите. Сейчас на таком спокойном рынке могут специально подталкивать риэлторы продавца, говоря, что тут желающих вагон)
Понравилась квартира, Ваш риэлтор проверит спокойно и всю картину обрисует, только после этого можно делать следующие шаги.

У Вас теоретический вопрос и ответов на него может быть практически не ограниченное количество. Рекомендую привлекать к работе сертифицированных специалистов.

Это смотря, какое обременение. А если оно есть на момент продажи, даже если оно и не указано в ЕГРП, то в регистрации откажут. Без конкретики ответ невозможен.

Правильно что сомневаетесь в целом, в целом Ваш риэлтор должен минимизировать риски проверив историю квартиры. Но в данной ситуации в выписке ЕГРП в Петербурге бывает мода не писать обременение, такие случае были, либо арест судом, а один раз вообще квартиры была под залогом по нецелевой ипотеке.
Было б желание, это все можно тоже проверить. В конце концом при ипотеке или аресте вашу сделку вообще не зарегистрируют, будет приостановке и вообще вернут, но все ж ситуация не приятная и можете там аванс возвращать будут неприлично долго, если со стороны продавца неприличные люди.
Думаю Ваш риэлтор должен знать что да как проверять, судя по тому, что Вы задали вопрос тут, то у Вас видать нет тоже 100% уверенности в своем риэлторе.
В общем при отсутствии доверия Вам еще надо задуматься и беспокоиться и о других аспектах, право собственности на каком основании появилось у продавца, все ли там прошло гладко, не приобреталось ли с использованием маткапитала, в конце концов дееспособным продавец или нет, ну и так далее и далее.

100 господь бог только может дать, а риэлтор ваш должен проверить историю квартиры и на основании ее дклать выводы. Насчет обременения, если такое будет, и ваш риэлтор все правильно сделает, то на вас не перейдет право собственноственности а продавец не получит деньги ‌‌‌