Ну и самый безопасный способ: оформить договор на всю сумму, заплатить продавцу налоги. И пусть он спит спокойно, но Вам в этом случае не спокойно, наверное, будет потому как денег жалко :)

А, вообще-то, нужно проверять правоустанавливающие документы по квартире. Как она досталась продавцу. В случае приобретения ее по договору купли-продажи или инвестирования (Долевого участия) Продавец будет оплачивать только сумму свыше уплаченной по такому договору. Т.е. в этом случае сумму можно указать и больше. Вот только Продавцы у нас в основном не знают этого нюанса и везде пишут 1 миллион.

И все же как бы ни было, если возникает остаток сверх суммы от ранее указанной в ДКП или ДДУ, то оформляем - см. п.1.

А дополнительное соглашение сторон к ДКП на неотъемлемые улучшения в 2-х экземплярах или только у продавца?

Светлана, а это как Вам захочется. В принципе соглашение подписывается обеими сторонами, соответственно: Один - Продавцу, второй - Покупателю. Кстати Вам-то оно нужнее. Вы ведь деньги платите :) А вот расписка в одном экземпляре для Покупателя.

В предварительной беседе с продавцом, выяснили, что именно дополнительным соглашением он планирует провести оставшуюся сумму, но нам как покупателям это допсоглашение отдавать не намерен. Т. к. опасается, что оно "не дай бог" попадет в налоговую. Что скажете? Спасибо.

Данное дополнительное соглашение составляется именно как Ваша гарантия возврата денег, в случае если ДКП не состоится или будет признан ничтожным. Поэтому наличие единственного экземпляра у Продавца Вам лично ничего не дает. Тогда можно просто остатком суммы не заморачиваться. Просто отдать ему деньги и все тут.
Обычно, в случае возникновения подобных случаев недоверия среди Продавцов-Покупателей, я выступаю гарантом между сторонами и сохраняю такое соглашение у себя (т.е. соглашение фактически передается третьей незаинтересованной стороне).

так и наняли специалиста, а оказалось, что не специалист. где гарантия, что следующий будет специалист?

Так это был Ваш специалист ? Он продавал, или пришёл с покупателями?

Это был наш специалист

Не повезло((((