Александр, 250 000 рублей - это максимальный имущественный вычет по нежилым помещениям, но Вам применять данный вид вычета нет никакого смысла. У Вас есть более существенный, актуальный и по цифрам более значимый вычет в размере 900 000 рублей (вычет по расходам), который Вы создали себе сами и не нуждаетесь в государственной поддержке. Рекомендую использовать свой вычет, если продадите за 900 000 рублей, налога не будет (купили за 900 - продали за 900. Нет дохода - нет налога!) Если есть сильное желание продать за 901 000, то налог с 1 000 рублей составит 130 рублей, но, на мой взгляд, это уже лишнее и никому ненужное стебательство ))

Александр, о влиянии на размер НДФЛ кадастровой стоимости очень доступно написано в ст. 217.1 НК РФ, пункте 5. Арман вам дал очень хороший совет использовать документально подтвержденные расходы на приобретение. Автоматически ничего не происходит, не забудьте в 2019 году до 30 апреля задекларировать вой доход, применив соответствующий вычет.