Ситуация эта для Сбербанка обычная ( по крайней мере, в 2015 и раньше, в этом году не проводила), в договоре купли-продажи пишется цена 2 млн и то, что квартира приобретается за счет кредитных и собственных средств, без конкретики в суммах - это допустимо как для банка, так и для Росреестра. Ну а в кредитном - все, как есть. Такое "противоречие" раньше никого не смущало. Иначе не одобрили бы они Вам кредит с недофинансированием, как у них это называется‌‌‌