Регистрация договора купли-продажи

Не принять договор на регистрацию, у вас не могут. Все документы, которые мы сдаём в окна приёма, имеют заявительную форму. В какой бы форме мы их не подали, приёмщик/приёмщица, не имеют права их не принять. Другое дело, когда документы дойдут до регистратора, вот уже этот специалист, смотрит их скрупулёзно. И если они составлены ненадлежащим образом, то либо приостановка до устранения замечаний, либо отказ в госрегистрации. Причин может быть масса.
Мы не можем ответить на Ваш вопрос чётко, потому что Вы задаёте его размыто и в общих чертах. На данном форуме, чёткие ответы идут на чётко поставленные вопросы.
Сформулируйте свои опасения, будем отвечать предметно.
Ещё. Бывают иногда «слишком умные» приёмщики, которые начинают вникать в документы, но вообще это не их дело.

Дело в том, что договор не регистрируется как сделка с 01.03.2013, поэтому Росреестр практически его не читает.только определенные вещи, мне на днях показали договор, по которому зарегистрирован переход права, где продавец действует по просроченному загранпаспорту.

В соответствии с законодательством РФ принять обязаны в любом случае,от лица,которое может себя идентифицировать.Так что не примут только если у Вас паспорта.В остальных случаях надо просто настаивать и заставлять принять документы.Как правило при пометке "принято по настоянию" в МФЦ примут все.

Мария, существует Приказ Минэкономразвития России от 09.12.2014 N 789 "Об утверждении Административного регламента Федеральной службы государственной регистрации, кадастра и картографии по предоставлению государственной услуги по государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним". В этом документы Вы найдете ответы на все интересующие Вас вопросы.
Если конкретно, то
Исчерпывающий перечень оснований для отказа в приеме документов, необходимых для предоставления государственной услуги
114. Основания для отказа в приеме документов, необходимых для предоставления государственной услуги, ОТСУТСТВУЮТ.
Проще говоря принять должны в любом случае. Ну а далее гос. регистратор Росреестра уже примет конкретное решение о приостановке или отказе в гос. регистрации. Исчерпывающий перечень оснований для приостановления или отказа в предоставлении государственной услуги также приведен в упомянутом выше документе.

1.Если нет оригинала документа удостоверяющего личность.
2.Если нет доверенности с соответствующими полномочиями, когда действует доверенное лицо.

Уточните, вы куда подавали документы? В МФЦ, нотариусу, напрямую в Росреестр или через какую-то фирму отдавали на регистрацию? Договор купли продажи на что?