Здравствуйте. В зависимости от конкретных договорённостей. Обычно в договоре купли-продажи указывается полная стоимость и после сделки продавец - клиент агентства выплачивает ему комиссию. Также комиссия может быть заложена в банковскую ячейку на имя агента или получена от покупателя до или в день сделки под гарантийное письмо.

Если услуга заказывает покупатель, то комиссию своему риелтору оплачиваете на сделке. При этом в договоре фигурирует сумма сделки. Комиссия, в данном случае, это отдельный расход покупателя.
Если услугу заказывает продавец, то покупатель не имеет никакого отношения к делам продавца и его риелтора. В договоре должна быть реальная цена покупки, если нет иных договоренностей с Продавцом о занижении.
Если риелтор продавца захочет забрать свою комиссию на сделке, что иногда практикуется, то здесь два варианта: или отдаете кэшем под расписку продавца, а дальше продавец и риелтор решают вопрос между собой самостоятельно, или комиссия риелтора закладывается в ячейку/аккредитив.
Или продавец самостоятельно решает этот вопрос с риелтором после сделки, вы в это не влезаете.