затраты на ремонт НЖФ и налог с купли-продажи

Платить НДФЛ придется.
С правом на вычет при продаже - вопрос спорный. ЕСЛИ подвал использовался Вами в предпринимательской деятельности, Вы не вправе применять имущественный налоговый вычет при продаже имущества. (п.2 подпункт4 ст. 220 НК РФ). При подаче налоговой декларации Вы не сможете уменьшить размер налогооблагаемой базы. НДФЛ необходимо исчислять с 3млн., т.е.390тыс. к уплате в бюджет.
Имущественный налоговый вычет при покупке Вам тоже не положен. Он предоставляется только на приобретение жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для ИЖС. Нежилые помещения в этот перечень не входят. (п1.подпункт3 ст.220 НК РФ)

Физлицо у меня. Значит есть резон попытаться ИП на 6% открыть... Тогда и договор КП писать от предпринимателя, а не просто физика?

Еще нужно учесть вероятность уплаты всего 6% налога. Организационно-правовая форма какая? ФНО?

При продаже Вы сможете уменьшить свою налогооблагаемую базу на сумму покупки: 3000000-1500000=1500000руб. Если как физ лицо, то максимум к уплате 195000 руб, если Вы ИП (6%), то к уплате 90000 руб. Только в ИП надо добавить ОКВЭД - 70.1. Я бы внесла и все подтвержденные расходы по ремонту помещения. Выбросят, значит выбросят, не получится доказать (99% получится), доплатить всегда успеете. Решать Вам. А как раз статья 217 и 220 не вычеркивает из списка нежилые помещения (" и иные объекты недвижимости", могу присласть текст закона). Но вычет в 1 000 000 руб. в Вашем случае не так выгоден как вычет в сумме покупки 1 500 000 руб. и ремонта помещения. Если Вы купите в текущем году, от даты продажи этого объекта новое жилое помещение, то взаимозачесть сможете. Вычеты даются только на покупку жилых объектов.

Наталья четко и правильно написала.‌‌‌

Ответ первый. Стоимость покупки вычесть точно можно. Относительно ремонта: если в договоре купли-продажи Вашего подвала указано, что он был без отделки + у Вас есть подтверждение расходов на ремонт + желание все это доказывать, то вероятность существует.

Ответ второй: придется, если купите именно "помещение". Вычет при покупке предоставляется только на жилые объекты.

Правила, мол типа дохода нет не существует, зато существует статья 220 Налогового кодекса РФ. Изучите.