1. Возможные проблемы надо не угадывать, а выявлять. Тем более, что их могут быть десятки, или ни одной. Например, если дом стоит одновременно на 2-х участках, то зарегистрировать его без объединения участков нельзя.
2. Свидетельство о собственности не выдается, его заменяет выписка из ЕГРН.

Еще есть малоэтажное строительство, но это ооочень дорогая земля; есть крестьянско-фермерское хозяйство (КФХ), но для этого Вы должны быть фермером (официально).
На сегодняшний день самое оптимальное - ИДС, самые дешевые участки (относительно ИЖС и ЛПХ), самая низкая кадастровая стоимость, а следовательно, самый низкий налог (размер налогового бремени на землю и сооружения, как правило, примерно в 10 раз ниже, чем для участков и домов на участках ЛПХ и ИЖС); не нужно разрешение на строительство, оформление дома в собственность "по дачной амнистии".
По поводу цены 3,5 млн. сказать трудно, не известно где это все находится, но, по-моему, в любом случае это дорого для СНТ с землей с таким разрешенным использованием.

На землях сельхозназначения с разрешенным использованием "под садоводство и огородничество" зарегистрировать право собственности на жилое строение можно, но именно на жилое СТРОЕНИЕ. Законодатели разделили такие понятия, как «жилое СТРОЕНИЕ БЕЗ ПРАВА РЕГИСТРАЦИИ проживания в нем» и «жилой ДОМ С ПРАВОМ РЕГИСТРАЦИИ проживания в нем». В жилом строении возможна регистрация только в судебном порядке, и то, есть множества нюансов, которые могут не позволить удовлетворить Ваш иск, например, это должно быть Ваше единственное жилье, Вы должны быть не приезжим, а проживать в регионе расположения этого строения, как минимум лет 5, экспертиза должна признать строение жилым и пригодным для круглогодичного проживания и т.д. Беспрепятственная регистрация (прописка) возможна только в жилом ДОМЕ. По нашему законодательству строительство жилого ДОМА возможно на землях с разрешенным использованием:
- для индивидуального жилищного строительства (ИЖС, всегда - земли населенных пунктов);
- для ведения личного подсобного хозяйства (ЛПХ, только на землях населенных пунктов, на землях сельхозназначения - нельзя);
– для дачного строительства с правом возведения жилого ДОМА с правом регистрации проживания в нем (индивидуальное дачное строительство – ИДС, вне зависимости от назначения земли, и сельхоз, и населенных пунктов) .

М, отвечаю на ваш 2-й вопрос Выписка из ЕГРН это документ который подтверждает ваше право собственности, (срок действия 1 месяц), а ДКП это правоустанавливающий документ. И нет такого понятия слабая или сильная альтернатива, без свидетельств стало намного удобнее, главное это запись в базе РосРеестра.

Что касается вашего первого вопроса, гадать бессмысленно нужно изучить документы и определить возможные проблемы.

Звоните и приезжайте с документами к нам в офис на консультацию, контакты на моей страничке.

если хотите зарегистрироватся в нем в дальнейшем то не берите геморрой .