Есть простое правило: Получили деньги - распишитесь.
Расписка это подтверждение получения денежных средств. Вариантов может быть несколько.
Покупатель НЕ пойдет никуда (по простой причине, что будет "соучастником").

У вас там в МРМ Capital (в этой башне с флагом) полная каша по ходу, если еще не снесло.
Ст.199 - для юриков. Для физиков - ст.198, и если почитать ее внимательно, то вместо 600 т.р. можно увидеть там две части и два примечания, одно из которых: "Крупным размером в настоящей статье признается сумма налогов и (или) сборов, составляющая за период в пределах трех финансовых лет подряд более шестисот тысяч рублей, при условии, что доля неуплаченных налогов и (или) сборов превышает 10 процентов подлежащих уплате сумм налогов и (или) сборов, либо превышающая один миллион восемьсот тысяч рублей". В ст.199 - другие суммы квалификации крупного и особо крупного размера (они больше).
А еще есть ст. 119 и 122 НК, которые в вашей башне пока не читали. Как все запущено...

...недавно в одном сериале отечественном была темка: риэлтор вторую расписку на разницу забирала себе и шантажировала обе стороны тем, что пойдёт куда-нибудь...и все облегчённой вздохнули, когда кто-то эту тетеньку того, отправил к праотцам...
Вторая расписка - это всегда риск. Что попадёт туда, куда ей совсем не надо попадать. По незнанию, специально - варианты всякие могут случиться.
Так что вопрос с этими расписками решается полюбовно. Двумя сторонами.
Пы.сы: все большее количество людей отказывается от занижения стоимости. И все чаще и чаще покупатели отказываются от приобретения квартир по неполной стоимости в дкп. И это правильно. И спокойно.

Неотделимые улучшения также подпадают под налог в 13%. Смысл писать такую расписку?

во вопрос, это первое, что стажеру поясняют, что такое неполная стоимость в ДКП, и отличие расписок от обязательств. А по формулировке "на разницу" можно понять, что за контора. "МРМ капитал", это что? и как там по этому вопросу думают.

Помните социальные ролики про налоги и сон? Так вот с каждым днём они становятся всё более правдивыми. Действительно покупателю нет никакого смысла идти в налоговую, т.к. это соучастие по предварительному сговору организованной группой лиц, но... Как всегда есть но. Есть такое понятие, как деятельное раскаяние, когда человек, совершивший правонарушение своими действиями (походом в налоговую) и помощи следствию искупает свою вину и сразу же становится "СВИДЕТЕЛЕМ " по делу. Но в таком случае Ваш договор судом будет признан недействительным, так как есть несовпадение в стоимости, а значит его расторгнут. Раз расторгнут, то Вам вернут объект, а Вы вернёте деньги согласно расписке к ДОГОВОРУ. На 1 млн рублей. Мосгорсуд признаёт все иные расписки , выданные к недействительному договору НИЧТОЖНЫМИ и взыскать покупателю с Вас разницу будет оооочень сложно, тем более, что если уж до этого дойдёт, то отдавать придётся % от того, что заработаете на лесопилке . Сорри за чёрный юмор.

"И как на это смотрит регистрационная палата..." - регпалата на это никак не должна смотреть. Расписки туда не предъявляются. Впрочем, если хотите может быть даже получить отказ в регистрации, то рискните и приложите в пакет расписку :-))
А про налоговую Вам уже коллеги ответили.
Но если Вы покупатель по этой сделке, то могу сказать, что на сегодняшнем рынке, который принадлежит покупателю, играть в такие игры нецелесообразно. Куда смотрит Ваш агент?!

ко всему прочему покупатель не дополучит налоговый вычет