Если он собственник квартиры, то у него должен быть договор аренды, а не субаренды (между физическими лицами договор найма). Юридические лица несут бремя и обязанность уплаты налогов физ. лиц в качестве налоговых агентов, если между ними заключён договор аренды, по которому физические лица получают доход.

Собственник заключил договор аренды, сумма арендной платы облагается налогом НДФЛ. Арендатор сдал в субаренду, все полученные им от субаренды за вычетом той суммы, которую он платит владельцу, тоже попадает под налогообложение.
Пример: физик сдал фирме квартиру за 30 тыс, а фирма сдала уже за 40 тыс. Физик платит налог с 30 тыс, а фирма - с 10 тыс (40-30).
При этом фирма должна исполнять обязанности налогового агента по отношению к физику, т.е. она должна сама удержать с 30 тыс. налог за физика и перечислить его в бюджет, а физику заплатить сумму за вычетом налога.