Налог с продажи

Здравствуйте Уважаемые специалисты!
Хотел бы проконсультироваться у Вас по вопросу налога с продажи квартиры. У меня следующая ситуация: В 2013 году продал квартиру в Моск. обл., которая находилась в собственности менее 3 лет (квартира досталась по наследству в 2012 году). В договоре купли-продажи написано так: "Квартира продается по цене 1.000.000 (один миллион) рублей. Покупатель приобретает квартиру с использованием кредитных средств предоставляемых банку. Согласно кредитному договору, кредит предоставляется в размере 1.400.000 (Один миллион четыреста тысяч) рублей для целей приобретения квартиры и оплату неотделимых улучшений в квартире, в том числе на приобретение квартиры 1.000.000 (один миллион) рублей, в счет оплаты неотделимых улучшений в квартире 400.000 (четыреста тысяч) рублей. Весной этого года, в установленный срок подал в налоговую декларацию, в которой указал, что квартира продалась за 1.000.000 (один миллион) рублей и соответственно налога с продажи нет и приложил копию договора купли-продажи. Однако сейчас стали поступать звонки от налогового инспектора с требованием переделать декларацию на 1.400.000 (Один миллион четыреста тысяч) рублей и оплатить налог с продажи, либо в противном случае они будут писать в прокуратуру. Так же пришло письмо с налоговой, в котором указано, что по результатам камеральной проверки выявлены несоответствия между данными налогоплательщика и данными налогового органа (в декларации не отражен доход полученный за неотделимые улучшения в квартире), с просьбой представить в течении 5 дней пояснения или уточненную декларацию, и что в пояснении могут быть представлены подтверждающие документы.
Подскажите, должен ли я переделывать декларацию, либо подавать новую декларацию за неотделимые улучшения? Должен ли я оплачивать налог за неотделимые улучшения? В каком виде могут быть поданы пояснения? Какие могут быть подтверждающие документы, если все улучшения в квартире производились более 5 лет назад и никаких чеков и платежек не осталась? Обязан ли я представлять эти подтверждающие документы, либо можно просто записать все с моих слов?
Заранее Спасибо!