Налог с продажи квартиры.

СКАЗАТЬ не может)) Надо было НАПИСАТЬ это прямо в договоре купли-продажи. Теперь вот если только вот если только покупателя привлекать и допсоглашение к договору делать соответствующее, тогда еще, может, "проскочит" и то, смотря когда у него это наследство от матери открылось, ведь если в этом году, то и перераспределение денег между продавцами может не сильно помочь, т.к. у нас теперь новые правила налогообложения дохода от продажи квартир.
Ну а при такой продаже, какая у них получилась, будет у него налог 13% с трех миллионов, уменьшенных на налоговый вычет в 500 тыс. рублей. Итого = 325 тыс.р. налога.

У сына налог будет

Уважаемый инкогнито, во-первых, не очень понято, что вы хотите от нас в рамках бесплатной консультации, у вас история все интересней и интересней становиться; во-вторых, поздравляю со штрафом за несданную декларацию, про штрафы и пени за неуплаченный налог - еще вопрос, но вполне реальный вариант; в-третьих, вы хотите оспорить результаты приватизации и признать сделку недействительной?
Как я понимаю, про вас вспомнила налоговая и теперь горит земля под ногам.. так найдите специалиста и заплатите ему чтобы подготовил документы, если это возможно, если он скажет, что поезд ушел, то с деньгами в кассу.. а то опять самостоятельно накуралесите еще и с подачей документов в налоговую, мало вам самостоятельной продажи, хотя хозяин - барин, да и скупой платит дважды, а иногда и трижды..

Сын постоянно прописан в этой квартире.

Отец отказался от своей доли в пользу сына, поэтому у него 1/2. Договор был год назад, в конце июля, наследство менее трёх лет, мать умерла в 2014 году, ещё один момент, приватизация была в 1992 году, сын не был включён.

Как минимум - нужно было расписывать в договоре суммы, как максимум - сделать 2 договора на каждую долю со своей ценой на договор. Хотя при прочтении у меня только вопросы и предположения.
1. Как и сказала Ирина Владимировна, если собственность 2016 года, то нужно смотреть еще и кадастровую стоимость.
2. Когда умерла мама? Точно ли меньше 3-х лет собственность или с 2016? т.к. многие неправильно считают дату начала права собственности в случае наследства.
3. Как и Армена, возник вопрос по распределению долей, но тут действительно может быть много вариантов развития событий. По 1/2, так по 1/2.
4. Когда была сделка? Если после 2 июля т.г., то она уже нотариальная и соответственно, предлагаемое Ириной Владимировной, как единственный вариант "спасения" ситуации, допсоглашение так же должно быть нотариальным.
Вывод: не занимайтесь самодеятельностью при продаже недвижимости, не жалейте денег на специалиста, тогда и не будете думать где взять 300 тыс. на налоги.

Развод наверное был перед смертью.

Классический пример, когда "Сам-себе риэлтор" ударило больно по карману. Привлекли бы риэлтора хотя бы на сопровождение сделки - сэкономили бы существенную сумму. Можно было бы перед продажей перевести долю сына на отца, скажем, дарением, тогда бы никаких вопросов у налоговиков и никаких налогов бы не было. Или расписать суммы, как писали выше. Только у меня возник вопрос, почему доли получились по 1/2? Было завещание от матери на передачу всей своей доли сыну или отец отказался от своей доли наследства? Если такого не было, у сына должно было стать 1/4 доли, у отца 3/4.