Подскажите пожалуйста!

Сделать то, что Вы описали в своем вопросе невозможно. Вы, или продаете всю квартиру или какую-то ее часть в виде доли в общем праве. При этом, если Вы продаете долю, то фактически никакой конкретной комнаты у Вас не останется, только доля в общем праве на всю квартиру. Далее можете определить порядок пользования, но юридически ситуацию по-другому оформить не получится.

Даниил прав во всем, кроме того, что на самом деле Вы можете продать из принадлежащей Вам целой квартиры две комнаты в виде доли квартиры и сразу в договоре купли-продажи определить между собой и покупателем порядок пользования, как жилыми помещениями квартиры, так и вспомогательными. Но вряд ли там в Иркутской области даже среди нотариусов найдется такой спец, который возьмется составлять договор с учетом раздельного порядка пользования, особенно, нежилыми помещениями квартиры. Хотя это нормально и законно, т.к. договор купли-продажи доли при Вашей ситуации вполне имеет право включать в себя элементы соглашения об определении порядка пользования помещениями квартиры.

Пока законодательство позволяет, такие "деления" будут сплошь и рядом. Могу сказать за свой город: большие квартиры на первых этажах и/или над нежильём, способны продаться только таким "делением". Дыры в законе позволяют сделать данные вещи, пока .... пока...

Вот же мода пошла, делить квартиры на отдельные "квартиры"...

Не совсем понятно, что Вы хотите получить по итогу?
Какие объекты должны у Вас получиться? Комната и двухкомнатная квартира? так не может быть. Если Вы хотите получить «две комнаты в трёхкомнатной квартире» и «комната в трёхкомнатной квартире», так ещё куда ни шло.
Что значит Ваша фраза, «вход будет отдельный»? о чём речь? вообще отдельный из подъезда или с улицы.
В каждом городе, такие вещи делаются по разному, в моём так:
1. Берётся техпаспорт БТИ на момент.
2. Проект, так как Вы это всё запланировали.
3. Районная администрация, в жилищный отдел на согласование.
4. Само переустройство.
5. Приёмка жилотделом и УК.
6. Вызов техника, для составления нового техпаспорта.
7. Выдача техпаспорта и электронного носителя для Кадастровой палаты.
8. Сдача документов в МФЦ, на регистрацию прав на вновь образованные объекты.
Если Вы просто хотите сделать обычную коммунальную квартиру, то здесь проще. Заказывает кадастровый паспорт на: всю квартиру; на комнату в трёхкомнатной квартире; на две комнаты в трёхкомнатной квартире.
Однако, в Москве например, такие фортели не проходят. В Челябинске пока можно так делать.
Для того, чтобы не тратить зря деньги и время, идите в консультационный кабинет Росреестра. Доступным языком объясните, что Вы хотите, может на этом всё и закончится…