До подписания или после - это не имеет значения, главное - НИ ОДНОГО рубля не выдавать продавцу до тех пор, пока не выпишется из этой комнаты и пока не будет зарегистрирован переход права собственности к покупателю. Адрес в паспорте у него останется прежний, но на купленную комнату он должен принести Ф-9 ОТДЕЛЬНУЮ, т.е. без указания в ней других комнат, и свободную от прописанных лиц. Ему в паспортном столе должны отделить эту комнату от остальных. Вообще-то эта процедура выписки из одной только комнаты и отделение этой комнаты для паспортисток понятнее тогда, когда на комнату уже есть новый собственник .
акт приема-передачи следует подписывать только тогда, когда комнату Вам передадут фактически, а оплата комм. услуг - это вовсе не равно передаче комнаты покупателю.

Чтобы подстраховать себя в плане выписки, Вы можете "простимулировать" продавца материально. На сленге риэлторов это называется "разбить деньги по пакетам". Т.е. часть суммы продавец получает после предъявления в банке регистрации права собственности, а часть после предъявления (в банке) чистой ф-9. Это условие должно быть отражено в условиях доступа к ячейке.

1.Чисто технически ДО появления нового собственникаодной из комнат продавцу невозможно выписаться из имеющихся трех комнат и прописаться в какие-то две из них.Поэтому все это делается только после продажи комнаты,получения документов с регистрации и желательно в паспортный приходить вместе покупателю и продавцу.Ваш агент Вам обьяснит,как это делается.
2.АПП реально подписывается именно тогда,когда обьект передается покупателю.По опыту(своему и других риэлторов)-желательно АПП совершать не ранее<чем покупатель получит документы с регистрации.Не буду обьяснять,почему именно так-уж поверьте на слово.
Я еще понимаю,когда ПОКУПАТЕЛЬ просит побыстрее передать ему комнату или квартиру(негде жить,снимает и нет желания платить лишние деньги за аренду и тд и тп),Но когда этого хочет продавец-зачем?Все равно он раньше госрегистрации денег не получит.

Елена, в описанной ситуации Вас только эти, далеко не самые значительные, вопросы волнуют?‌‌‌

По поводу первого вопроса, ввиду особенностей оформления комнат в интересующем Вас регионе, подсказать могут только риэлторы Питера.
По второму вопросу - акт лучше подписывать тогда, когда Вы по факту получаете имущество в свое личное пользование, т.е. тогда, когда предыдущий собственник и другие пользователи объекта не могут причинить ему какие-либо недостатки.