Далеко не каждый регистратор вчитывается в текст предоставляемых ему документов. И нотариус не панацея от всех бед. Все вопросы к вашему нерадивому риэлтору. Очевидно, что это его косяк.
Содержание в договоре дарения сохранения права пользования допустимо. Это так называемый смешанный договор. Гражданским законодательством такие договора не запрещены. Просто далеко не каждый с этим сталкивался...‌‌‌

Если бы в договоре был пункт о пожизненном....то нотариус его бы увидел конечно и проинформировал вас!
Вы испугались стандартной фразы, которая прописывается везде в договорах!
Но есть один момент: нотариусы не проверяют квартиры, на предмет выявления таких лиц! И если кто-то в тюрьму был выписан....в армию....и т.п. то риск есть! Но для этого и существует агентство, чтобы это выявить: проверка юридической чистоты....называется!
Продавец, подписываясь под этим пунктом, может и соврать....
Так он и за другие пункты, чего-то обещающие, может и не ответить....
Требуйте с агентства, заключение от юриста о проверках! Если, конечно, они делали все проверки....
ну, а если агентство экономило, понадеялось на нотариуса, то....надеяться на лучшее.... Или дополнительно проверить в другом месте, чтобы знать-к чему готовиться....