Регистрация права с прописанным по месту жительства

Добрый день. Вопрос о регистрации права на недвижимость. Объект недвижимости – квартира, купленная в ипотеку в совместную собственность с супругой. После был развод. С бывшей договорились о разделе имущества следующим образом: я выплачиваю компенсацию и продолжаю платить ипотеку, а квартира переходит в мою собственность. Бывшая выходит из кредитного договора. Составили соглашение, получили согласие банка на вывод созаемщика. Сейчас готовим документы для росреестра. Уже подали соглашение нотариусу. Но настораживает один момент. Бывшая пока не хочет выписываться из квартиры. Я не против. Но как на это посмотрит ЕГРН? Могут ли они отказать, если она останется прописана в квартире? И на каком основании?