При продаже в одном налоговом периоде двух объектов, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик имеет право воспользоваться имущественным налоговым вычетом в сумме, полученной от продажи доли, в размере до 1 000 000 руб. и одновременно уменьшить сумму облагаемого налогом дохода от продажи другой доли на сумму документально подтвержденных расходов, связанных с ее приобретением. В Вашем случае вычет именно 1 000 000 руб., поскольку доля продается как обособленный объект права.
Это официальная, согласованная и обязательная для исполнения налоговыми органами позиция Минфина.

Ирина, имеете полное право использовать вычет расходов и один имущественный налоговый вычет в 1млн рублей.
Вот письмо Минфина на эту тему: Письмо Минфина РФ от 03.06.2009 N03-04-05-01/418. Правда, там речь идет о двух разных квартирах. Так что продавать надо двумя договорами.

всем большое спасибо за участие

Описываемый вами вариант возможен.

Да, всё верно. Существует 2 способа расчета уменьшения налогооблагаемой базы при заполнении налоговой декларации: "Вычет" и "Расходы". Суммировать по одному объекту их нельзя, а комбинировать для разных объектов, как в Вашем примере, можно. При расчете н/базы в отношении приватизированной доли следует выбрать первый способ ("Вычет"), а при расчете базы по приобретенной ранее доле - второй способ расчета ("Расходы").