Иногда в разрешениях на строительство пишут площадь дома строго по проекту, иногда площадь дома не указывается. Посмотрите, как в Вашем разрешении. Важно, чтобы дом размещался в пределах пятна по СПОЗУ. Кроме того, на территориях с регулируемой застройкой могут быть экзотические требования к домам, например, может быть запрещен слишком динамичный силуэт, яркий фасад и пр. Если в Вашем месте таких специфических требований нет, и площадь дома не указана в разрешении на строительство, полагаю, что Администрация и регистрирующий орган не будут придираться к несоответствию фактических параметров дома и его характеристик по проекту. Но лучше проконсультироваться в Администрации.