Писать нужно, все подобные моменты необходимо прописывать, чтобы потом не возникало споров!

странный вопрос. по-моему, это совершенно очевидный факт. продающая сторона обычно на такие фокусы не идет, потому что ну это совсем уж детский сад, с таким же успехом можно прийти на аванс с пистолетом и отобрать этот аванс у покупателя )) но вообще в типовом договоре пишется, что внесенная сумма идет в счет платежей по договору купли-продажи квартиры такой-то и является частью полной ее стоимости