ЕГРП не существует уже почти 2 года. Его заменил ЕГРН.
Договор займа и договор залога - это разные договора.
Регистрируется обременение "ипотека в силу договора".
Снимается совместным заявлением сторон (займодавец и заёмщик).
Автоматически ничего не переходит.
За составлением договора и всеми сопутствующими вопросами лучше обратиться к специалисту.

"3. Необходимо заранее составить «совместное заявление об отступном» во избежании проблем в дальнейшем."

Смысла нет. Поскольку вам сейчас не известно достоверно, будет ли заемщик возвращать деньги или нет. Опять же, соглашение об отступном нужно будет подавать в росреестр и в одиночку без заемщика вы это сделать не сможете. Не известно сколько он останется должен на момент когда вы захотите использовать "отступное". Может быть 1 руб., а может быть сумму, которую и квартира не погасит. А все это необходимо будет указать в отступном, если конечно до этого дело дойдет.

"4. Убедиться, что «заёмщик» не имеет «иных» обязательств."

Убедились и выяснили, что на 18.12.18 заемщик не имеет других обязательств. Хотя как вы это выясните не понятно. А завтра он пошел и назанимал еще кучу денег.

Всем огромное спасибо за Ваши комментарии и наставления, из чего я усвоил следующий урок:
1. Без специалиста, имеющего практику в этой области мне не обойтись.
2. Что договора необходимо составлять - 2, а именно договор займа и договор залога, который и будет регистрироваться в ЕГРН в силу «закона»
3. Необходимо заранее составить «совместное заявление об отступном» во избежании проблем в дальнейшем.
4. Убедиться, что «заёмщик» не имеет «иных» обязательств.
В любом случае хотел бы воспользоваться помощью специалиста. Кто поможет составить договор Займа и договор Залога, соглашение об отступном и расписку о передаче денег, так как рисковать большой суммой действительно не хочу!

Лично регистрировала с клиентом "Договор займа и залога имущества" - ОДИН договор. В нем много чего надо предусмотреть. Регистрируется обременение "ипотека в силу договора".
Снимается совместным заявлением сторон (займодавец и заёмщик) после погашения долга.
Автоматически ничего в вашу собственность не перейдет, только через суд.
Лучше, чтобы сам заемщик лично подписал соглашение об отступном в счет погашения долга.

А еще лучше если в вопросе не разбираетесь не играйте в эти игры. Вы хотите на основании информации с форума (даже достоверной, но не учитывающей мелкие "детали") рискнуть большой суммой денег?.

Составляете Договор займа и Договор залога и регистрируете в росреестре ипотеку в силу закона.
Но, поверьте на практике не спасет вас этот залог, если заемщик начнет динамить и еще хуже если окажутся другие кредиторы даже без залогов.
Вот реальный случай из жизни. Товарищ дал в долг приличную сумму денег. Подписали Договор займа, Договор залога и даже зарегистрировали залог в росреестре. Мысли были что если через пару лет не будет выплачен займ, продавать квартиру и возвращать деньги. Но в какой-то момент узнает, что в отношении заемщика прошли суды по другим кредиторам и на квартиру наложены запреты на рег.действия приставами. Дальше уже больше года в судах, чтобы обратить имущество в счет погашения долга. Сейчас дошли до стадии выставления квартиры на торги. Этими вопросами приставы занимаются. Ничего автоматически в вашу собственность не перейдет, только суды. Или чтобы сам лично заемщик подписал соглашение об отступном в счет погашения долга. Чем закончится вся эта эпопея не знаю.
Единственный возможный вариант это полное оформление недвижимости на вас, с последующим переоформлением на заемщика, после полной выплаты долга.