Нужно ли нотариально заверять договор купли-продажи квартиры, если оплачиваю через аккредитив в банке?

Договор подлежит обязательному нотариальному удостоверению, если продавец является несовершеннолетним/недееспособным /ограниченным в дееспособности лицом.
Если комната является именно комнатой, а не долей, то нет необходимости нотариально удостоверять договор.

Договор необходимо нотариально удостоверять только в случае предусмотренных законом ситуаций (когда законом установлена обязательная нотариальная форма сделки) или при ситуации, когда для такого заверения есть предпосылки связанные с рисками утраты права собственности на объект (например, продавец входит в группу риска).
Во всех остальных ситуация вопрос участия в сделке нотариуса решается по согласованию сторон.
Для аккредитивной формы расчетов тип Вашего договора значения не имеет, он может быть совершен в простой письменной форме или даже в электронной. По вопросам раскрытия аккредитива правильнее будет обратиться я в банк эмитент (тот, с которым подписываете договор аккредитива).

Необходимость нотариального заверения никак не связана с формой оплаты. В вашем случае можно ограничиться договором в простой письменной форме.