Данное переоформление возможно только с разрешения органов опеки и попечительства. Вам туда первым делом, заодно и пакет документов узнаете какой.‌‌‌

сходите в опеку своего района и после будем обсуждать ,как поступить

Органы опеки Ваша единственная надежда,все что касается детей ,на их усмотрение.

Между супругами можно переоформить путем брачного договора, а вот дети это в органы опеки.

Как выше сказали - только через опеку. Но тоже не факт, что получится - по закону между родителями и несовершеннолетними детьми возможен только один вариант сделок - обмен/мена. Хотя в некоторых случаях на это закрывают глаза и пропускают другие сделки.

А не проще сделать встречную сделку - отец продает свои долю матери, а мать свою квартиру целиком продает отцу?
Еще вариант: мать меняет доли детей на долю в своей квартире (если пропустят такую сделку - это надо узнавать в росреетре в вашем регионе), а потом 3/4 квартиры продает отцу.
Стоит отметить, что все сделке по отчуждению долей пойдут через нотариуса (примерно 0,5%+10 000)

Опечатался. Должно быть так:
Переоформить собственность таким образом, чтобы было так:
1-ая квартира 86 м2. Собственники один (100% - Отец)
2-ая квартира 90 м2ю Собственников три (Мать, Сын, Дочь)