Ну если Вам так повезло и в свидетельстве основанием права поименован договор купли-продажи квартиры, то должно все получиться, что задумали. Только вот право на нежилое возникло у Вас в 2016 году, и налоговики запросто могут попытаться навязать Вам расчет налога по новым правилам, т.е. исходя из кадастровой стоимости н/помещения, умноженной на коэффициент 0,7, и в общем они будут правы. Так что смотрите кадастровую стоимость помещения, умножайте на 0,7 и из этой цифры исходите, причем имейте ввиду то, что если сумма в договоре будет меньше этой цифры, то при расчете налога за основу будет браться не сумма договора продажи, а именно 0,7 от кадастра.
В помощь Вам:
ДЕПАРТАМЕНТ НАЛОГОВОЙ И ТАМОЖЕННО-ТАРИФНОЙ ПОЛИТИКИ ПИСЬМОот 7 апреля 2014 года N 03-04-05/15478[О порядке исчисления налога на доходы физических лиц при продаже нежилого помещения.

Кроме того, Вы имеете право уменьшить налогооблагаемую базу не только на сумму покупки переведенной квартиры, но и на документально подтвержденные расходы по переводу ее в Н/помещение и по переоборудованию этой квартиры под нежилое.

Спасибо всем за ответы!

Константин, квартира куплена в 2015 году, я исходила из того, что вряд ли за прошедшее время ее и перевести в нежилое успели, и посдавать в аренду - это во-первых. А во-вторых, даже если она сдавалась в аренду и на доход от аренды платился налог по ставке 13%, т.е. не ИПшная ставка налога, то при продаже ничего налоговая ему насчитать лишнего не может и рассматриваться это будет, как обычная продажа имущества физ лица. На этот счет есть не одно письмо минфина. Поверьте мне, я знаю - изучала,сама из-за этого плачу 13% налог на доход от аренды н/помещения.

Я продолжу придерживаться своего мнения, что сведений мало. Если ФЛ это ИП, это нежилое помещение использовалось в коммерческих целях, то налоговая, с большой долей вероятности, насчитает налог в зависимости от системы налогообложения этого ИП и про применение каких-то налоговых вычетов в соответствии со ст. 220 даже речи не будет. И даже если ФЛ не зарегистрирован как ИП, но помещение использовалось в коммерческих целях (а на эту мысль наводит факт перевода назначения помещения в нежилое), то налоговая может самостоятельно принять это за коммерческую деятельность и донасчитать налог уже по ОСН и пр., и пр.
Поэтому я бы воздержался от каких-то советов только на основании предоставленной информации, т.к. ее не достаточно, и уж тем более воздержался от "принятия решения" по продаже недвижимости и величины налога, на основании советов на форуме.
Евгений, обратитесь к специалисту и пусть он занимается, и разъясняет все нюансы. Если вы даже напишите письмо в Минфин, но "упустите" какие-то существенные условия, то их "устраивающий вас" ответ будет ничтожен.

Андрей, отвечать копирование моего ответа из предыдущего вопроса пользователя - это уже перебор. Вы настолько безграмотный специалист, что не можете иметь своего мнения, связать пары слов и выдать фразу крупнее чем вы отвечаете обычно - "может", "продавайте" и т.п.?

здесь влияют и время перехода, "юридическое" состояние владельца недвижимости, основание "приема" на баланс объекта ОС, системы налогообложения, порядка сделки КП. С большой вероятностью можно сказать, что не стоит применять "классические" методы продажи и налогообложения для объектов недвижимости физ.лиц, т.к. тут действуют несколько иные правила

Вы уже задавали этот вопрос: http://realty.dmir.ru/forum/593729/
Кто хотел или мог, тот ответил.
От количества вопросов качество ответов не изменится.