Составьте соглашение оп определении долей, и подайте его на государственную регистрацию.

Вариант 1. У Вас общая совместная собственность. Такая ситуация актуальна если приватизация у Вас 90-х годов. В таком случае необходимо составить соглашение об определении долей и подать его на государственную регистрацию в росреестр.
Вариант 2. У Вас общая долевая собственность и Вы хотите выделить долю в виде конкретной комнаты. Юридически превратить долю в конкретную комнату невозможно, т.е. нельзя сделать из квартиры находящейся в общей долевой собственности коммунальную. Можно только определить порядок пользования. Допустим одному одна комната, другому другая, при этом квартира так и останется в общей долевой собственности.

Если всего одно Свидетельство , на всех , то тогда составлять Соглашение об определении долей, как выше ответил Николай Тюленев, подавать на регистрацию и получать несколько Свидетельств, каждому на свою долю.
Если Свидетельств три, на каждого ( или уже сразу при приватизации, или три Свидетельства будут после составления Соглашения о делении долей и регистрации ), то надо понимать, эти доли абстрактные по факту, все могут проживать везде.
Что бы определить, у кого конкретно какая комната или угол, можно определять соглашение о порядке пользования, или добровольно, нотариально, или по суду.
Следует отметить, что право пользования определяется ( например, в Москве, для других городов возможны нюансы) только для конкретного состава собственников на конкретный момент. То есть для новых собственников, если произойдет смена владельцев, потребуется заново определять.

Если Вы имеете ввиду, определить порядок пользования в квартире, между тремя собственниками? Для начала специалистам нужно выяснить: сколько комнат, кто сособственники являются друг другу(родственные отношения). Если у вас не сложился порядок пользования, то обращаться нужно в суд с соответствующим исковым заявлением. Если у Вас старый договор передачи квартиры в собственность граждан, и там не выделены доли собственникам, то как выше прокомментировал Николай, составить соглашение об определении долей(либо в судебном порядке, если остальные сособственники против) и на регистрацию.

Без участия остальных сособственников никак и нигде.
Может быть общая совместная собственность, такое было в начале 90-х. Так там даже доли не определены.
Если собственность долевая, то в каждой условной комнате у него по 1/3 доле.
Вопрос к Вам: что конкретно Вы и/или он, хотите получить по итогу от этой квартире?
Какие взаимоотношения между сособственниками? Ну и вообще, чем полнее будет пояснение, тем полезнее ответы услышите.
Что б мы Вам тут сейчас не объясняли на юридических терминах, а написали простым и понятным языком.