На комментарий Дениса Бердникова:
если читать налоговую норму в этой части, то получается, что можно применить или то, или другое, но есть вот такое Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 30 июня 2010 г. N 03-04-05/9-362 . Из него следует, что налогоплательщик вправе одновременно (там прямо есть такое слово!) и воспользоваться вычетом, и уменьшить налогооблагаемую базу на расходы по приобретению в отношении того объекта, к которому не применялся вычет. Правда, в письме речь идет о двух квартирах. Но по аналогии можно сделать такой вывод и в отношении квартиры полученной частями по двум разным основаниям. Ведь налогоплательщик тогда будет использовать только один способ уменьшения налоговой базы для каждой части квартиры.
Конечно, при продаже квартиры одним договором запросто можно нарваться то, что какой=-то конкретный налоговик не примет такой способ расчета налоговой базы, поэтому самое правильное было бы в этой ситуации задать вопрос на сайте Управления ФНС и получить адресный ответ, а самое бесспорное и выгодное - это оформить продажу двумя разными договорами.