Здравствуйте. Советую сначала сходить в территориальный отдел ПФР со всеми документами на недвижимость. А ещё лучше , направить вопрос письменно по форме обратной связи, чтоб можно было ссылаться на ответ ПФР. Маткапитал при прямой покупке можно использовать по достижению трёхлетнего возраста ребенка. (с привлечением ипотеки можно сразу, до достижения 3х лет). Если выкупаете часть дома, по размеру она должна быть такой, чтобы было очевидно, что у семьи улучшаются жилищные условия. Например, у детей появится отдельная комната. Сделка нотариальная.

Можно, если по результатам такой сделки условия проживания детей будут улучшены. Не совсем понятно о доле в общем праве идет речь или все же о части жилого дома. Это разные понятия. Доля - это нотариальная сделка, часть - простая письменная форма договора.
Использовать маткапитал на улучшение жилищных условий напрямую можно после достижения ребенком 3-х летнего возраста. До этого момента только через ипотеку.

"Подскажите можно ли так? " - пфр плохо относится к такого рода сделкам между близкими родственниками, рассматривая их как потенциальную обналичку. поэтому сначала заручитесь согласием пфр (а оно отнюдь не гарантировано!), только потом начинайте совершать какие-то действия

ПФР не запрещает выкупать доли, но доля брата должна быть выделена в натуре.В любом случае Вам лучше согласовать покупку до сделки,чтобы не было потом разных мытарств и переделывания документов.