Добрый вечер! Речь о комнатах, как об объектах права или о долях? Это принципиально важно. В случае долей срок владения всей квартирой будет исчисляться с момента регистрации права на первую долю. В случае комнат в коммунальной квартире - срок владения всей квартирой исчисляется с момента приобретения последней комнаты (письмо ФНС России от 7 июля 2016 г. № СА-4-7/12211@, Определение СК по административным делам ВС РФ от 6 апреля 2016 г. № 70-КГ15-16).

Одно важное примечание к сказанному, если речь идёт не о долях, то срок владения всей квартирой будет исчисляется с момента приобретения последней комнаты, ЕСЛИ комнаты будут объедены в одно целое под один кадастровый номер, если всю квартиру продавать одним договором без объединения комнат, то есть, с тремя кадастровыми номерами, то срок владения будет исчисляться согласно каждой комнате по отдельности. Мораль: если собираетесь продавать ранее минимального предельного срок владения, то лучше комнаты не объединять ))