Расчет неустойки по ДДУ, из какой суммы?

Неустойку обязаны выплатить из той суммы,что получил застройщик. Только не забудьте после получения неустойки заплатить с нее налог 13 % .

Расчет неустойки производится от суммы договора участия в долевом строительстве. За сколько вам уступили права - непринципиально.
Далее ст. 6 214 ФЗ
2. В случае нарушения предусмотренного договором срока передачи участнику долевого строительства объекта долевого строительства застройщик уплачивает участнику долевого строительства неустойку (пени) в размере одной трехсотой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день исполнения обязательства, от цены договора за каждый день просрочки. Если участником долевого строительства является гражданин, предусмотренная настоящей частью неустойка (пени) уплачивается застройщиком в двойном размере. В случае нарушения предусмотренного договором срока передачи участнику долевого строительства объекта долевого строительства вследствие уклонения участника долевого строительства от подписания передаточного акта или иного документа о передаче объекта долевого строительства застройщик освобождается от уплаты участнику долевого строительства неустойки (пени) при условии надлежащего исполнения застройщиком своих обязательств по такому договору.

Здравствуйте. Сумма обязательства застройщика перед вами - 4.1, которая указана в самом ДДУ.

Ваши затраты на приобретение составили 3,9 млн, из этой суммы и имеет смысл производить расчёт, вы же в суд не предоставите платежку на сумму 4,1.